A népegészségügyi szűrővizsgálatok végrehajtása az ÁNTSZ-re épül, minthogy a lakossági célzott szűrővizsgálatok összehangolását, szervezését és felügeyeletét az Állami Népegészségügyi és Tisztiorvosi Szolgálatról szóló többször módosított 1991. évi XI. törvény 5. § (I) bekezdése e) pontja az ÁNTSZ feladatává tette. Az OTH e törvény adta feladatának - azt a helyettes országos tisztiorvosnak delegálva - felel meg.
Helyettes országos tisztifőorvos (HOTF) közvetlen kapcsolattartó személy az ESzCsM Népegészségügyi Főosztályával, és az Országos Egészségbiztosítási Pénztárral (OEP) minden, a lakosságszűrési program végrehajtásával összefüggő egészségpolitikai, szakmai irányítási és finanszírozási kérdésben. Utasítási és felügyeleti jogköre a végrehajtó ágazat minden elemére kiterjed. Jogkörét - belátása szerinti módon és mértékben - az Országos Szűrési Koordinátoron keresztül gyakorolhatja.
Országos Szűrési Koordinátor (OSZK), az Országos Tisztifőorvos (OTF) által kinevezett köztisztviselő, aki az OTH SzMSz által meghatározott körben gyakorol kiadmányozási és kötelezettségvállalási jogokat. Felelős a népegészségügyi szűrőprogramok működtetéséért, szakmai minőségéért, a hatékony forrásfelhasználásért. Felhatalmazása és felelőssége mindhárom szűrési módozatra és az ország egész területére kiterjed.
Tevékenyéségét az OTH szervezeti keretében, a helyettes országos tisztifőorvos (HOTF) irányítása és felügyelete alatt látja el.
Országos Szűrési Nyilvántartás (OSZNY): az OTH Szűrési Koordinációs Osztály keretében, az országos szűrési koordinátor (OSZK) alárendeltségében, annak felügyelete alatt működik.
Gondoskodik az OEP-adatbázis és az ÁNTSZ informatikai rendszere közötti munkakapcsolatról és a lakossági adatbázis karbantartásáról; biztosítja az OSZNY és a megyei szűrési nyilvántartások közötti kétirányú adatáramlást.
Területi szűrési osztályok: területi onkológiai szűrési koordinátorok (TOSZKO): a TOSZKO az ÁNTSZ megyei/fővárosi intézet keretében létesült Szűrési Osztály vezetője, köztisztviselői minőségben, teljes munkaidejű főállású alkalmazásban, a megyei tisztifőorvos közvetlen szervezeti alárendeltségében, az országos szűrési koordinátor szakmai irányítása alatt. Felhatalmazása és felelőssége mindhárom szűrési módozatra, a területi intézet felelősségével megegyező területre terjed ki (ez utóbbitól az Országos Szűrési Koordinációs Osztály intézkedése alapján eltérhet).
Részt vesz az egyes szűrőhelyek által ellátandó területek kijelölésében; biztosítja a behívó-visszahívó-követési rendszer működését; felügyeli a területi szűrési nyilvántartás célszerű működését, az adatállomány minőségét gondoskodva annak karbantartásáról, az előírt adatkapcsolatokat és adatáramlást; továbbá, az elsődleges és másodlagos behvívási menetrend tervezését és elkészítését, figyelemmel a szűrőegységek fogadókészségére. Az onkológiai hálózattal együttműködve figyelemmel kíséri a nem negatív szűrővizsgálati eredményt adó személyek tisztázó vizsgálatát végző diagnosztikus munkacsoportok működését és a betegutakat. Felügyeli a szűrőegységek munkájának minőségét, betegmegelégedettségi felméréseket végez. Adatot szolgáltat az Országos Szűrési Nyilvántartás számára.
Szűrési munkacsoportok: operatív jellegő interdiszciplináris munkacsoportok, amelyekben képviselve van az egyes szűrővizsgálati módozatok (emlőszűrés, méhnyakszűrés, vastagbélszűrés) végrehajtásához szükséges szakértelem. Kidolgozzák a szakmai protokollokat, elemző, monitoring és értékelő tevékenységet folytatnak, teljesítménymutatókat dolgoznak ki a szűrőtevékenységek minőségellenőrzésére, a területi lefedettség  egyenetlensége esetén javaslatot tesznek a korrekcióra. Véleményezik a szűrőmunkahelyek megfelelőségét, a szakmai protokollban előírt módon havi, negyedévi, évi jelentések alapján, szükség szerint helyszíni ellenőrzés útján.